概要 研究で3D-RISM理論を扱うことになり、3D-RISMはOZ式から導出されるので、OZ式の導出をやってみた。カノニカル分布、グランドカノニカル分布、デルタ関数の概要を理解している前提で進める。 1. 分布関数 粒子の座標を、ポテンシャル関数をと定義すると…

概要 ニューラルネットワークに関連する用語の意味をまとめる。 勾配降下法 バッチ勾配降下法 全ての訓練データを使用して重みを更新する。 時間がかかる 局所解に陥るとなかなか脱出できない 確率的勾配降下法（SGD、Stochastic Gradient Descent） 1つの訓…

概要 Bashスクリプト作成の時にいつも調べてしまうのでまとめておく。 環境 macOS Mojave 10.14.5 変数の扱い a='aaa' echo ${a} 計算の仕方 two=$((3-1)) echo $(two) if bashの比較演算子は文字列と数値とで大きく異なる 文字列比較 =で比較する a='aaa' i…

概要 リガンド-タンパク質の複合体の力場パラメータ（拡張子が.prmtop 、.inpcrd）を作成する。 環境 AmberTools19 タンパク質の準備 タンパク質についてはパラメータを作成する前にいくつか注意点がある 解像度は十分高いか 欠損残基はあるか：キャップを形…

概要 実装はsklearnを利用する。 環境 sklearn 0.21.2 matplotlib 3.1.1 実装 データ ボストンデータを利用する。 from sklearn.datasets import load_boston from sklearn.model_selection import train_test_split from sklearn.preprocessing import Stan…

概要 vmdで水素結合の解析をする。GUIとCUIでの方法を紹介する。 環境 macOS Mojave 10.14.5 vmd 1.9.3 GUIでの方法 まずは構造ファイルとトラジェクトリ ファイルを読み込む。読み込み方はこちら → VMDの使い方の基本 (Mac) 水素結合の数をプロット VMD Mai…

概要 vmdで画像をきれいに保存する方法を紹介する。しかし、ここでは必要最低限のことしか触れない。さらにオプション等細かく知りたい方はこちらの記事が非常によくまとまっている。 VMD(Visual Molecular Dynamics)でMDシミュレーションの綺麗なスナップシ…

概要 vmdでのRMSDの計算する方法をまとめる。今回は水素以外のタンパク質でアラインし、タンパク質の主鎖のRMSDを計算する。0フレーム目を基準としてそれぞれ計算する。 環境 macOS Mojave 10.14.5 vmd 1.9.3 macOS Catalinaではアプリが64bitにしか対応して…

概要 XGBoostのパラメータをまとめる。ただし、回帰分析を行う際に重要なパラメータのみを考える。基本的には公式に書かれていることをまとめるが、わかりずらいところも多く適宜補足を加える。パラメータの説明を数式を行うので、XGBoostの原理を先に勉強し…

概要 シミュレーション中の原子の軌跡を保存するトラジェクトリ ファイルの種類が多く混乱したのでメモする。さらに、トラジェクトリ の拡張子を変換しつつ人にとって見やすいようにタンパク質でアライン（中心に固定して動かなくする）する。 環境 macOS Mo…

概要 ブログを書いているとJavaScriptを勉強したくなったのでそのための環境を整えるためにpythonでサーバーを構築する。 参照記事 python でお気楽Webサーバを構築してCGIのテスト。 環境 macOS Mojave 10.14.5 python 3.7.4 htmlを書く index.htmlを作成す…

概要 VMD (Visual Molecular Dynamics) とは分子構造、シミュレーションの可視化ソフト。無料で手に入る。無料の可視化ソフトは他にもPyMolがあるので使い分けられるとよい。個人的にはPyMolの方がGUI機能が豊富だが、シミュレーション等のトラジェクトリを…

概要 pandasはテーブルデータの分析をする上で非常に便利なモジュール。テーブルデータの可視化もjupyter-notebookと合わせて非常に見やすくなる。自分がよく使うものを並べていきます。 環境 macOS Mojave 10.14.5 インストール pythonのデフォルトモジュー…

概要 vmdのスクリプトの書き方について、日本語の記事が少なかったのでまとめておきます。vmdのスクリプトはTCL言語で記述できます。 環境 macOS Mojave 10.14.6 vmd 1.9.2 スクリプトの読み込み方 まずは、vmdのパスを通してください。file.tclというスクリ…

概要 グリッドサーチでのパラメータチューニングしか行ったことがなかったので試してみた。 環境 データの準備 import xgboost as xgb from sklearn import datasets from sklearn.model_selection import train_test_split, KFold, RandomizedSearchCV impo…

概要 Pythonを使ってみたい！と言ってもPythonの環境構築方法には色々あり混乱しがちなのでまとめる。主にMacについてまとめる。 Pythonの種類 Pythonには2系と3系の２種類が存在する。 2系：古いソフトウェアを使う場合、2系でないと動かないときもある。 3…