概要 vmdで水素結合の解析をする。GUIとCUIでの方法を紹介する。 環境 macOS Mojave 10.14.5 vmd 1.9.3 GUIでの方法 まずは構造ファイルとトラジェクトリ ファイルを読み込む。読み込み方はこちら → VMDの使い方の基本 (Mac) 水素結合の数をプロット VMD Mai…

概要 vmdで画像をきれいに保存する方法を紹介する。しかし、ここでは必要最低限のことしか触れない。さらにオプション等細かく知りたい方はこちらの記事が非常によくまとまっている。 VMD(Visual Molecular Dynamics)でMDシミュレーションの綺麗なスナップシ…

概要 vmdでのRMSDの計算する方法をまとめる。今回は水素以外のタンパク質でアラインし、タンパク質の主鎖のRMSDを計算する。0フレーム目を基準としてそれぞれ計算する。 環境 macOS Mojave 10.14.5 vmd 1.9.3 macOS Catalinaではアプリが64bitにしか対応して…

概要 シミュレーション中の原子の軌跡を保存するトラジェクトリ ファイルの種類が多く混乱したのでメモする。さらに、トラジェクトリ の拡張子を変換しつつ人にとって見やすいようにタンパク質でアライン（中心に固定して動かなくする）する。 環境 macOS Mo…

概要 VMD (Visual Molecular Dynamics) とは分子構造、シミュレーションの可視化ソフト。無料で手に入る。無料の可視化ソフトは他にもPyMolがあるので使い分けられるとよい。個人的にはPyMolの方がGUI機能が豊富だが、シミュレーション等のトラジェクトリを…

概要 vmdのスクリプトの書き方について、日本語の記事が少なかったのでまとめておきます。vmdのスクリプトはTCL言語で記述できます。 環境 macOS Mojave 10.14.6 vmd 1.9.2 スクリプトの読み込み方 まずは、vmdのパスを通してください。file.tclというスクリ…