概要

vmdでのRMSDの計算する方法をまとめる。今回は水素以外のタンパク質でアラインし、タンパク質の主鎖のRMSDを計算する。0フレーム目を基準としてそれぞれ計算する。

環境

macOS Mojave 10.14.5
vmd 1.9.3

macOS Catalinaではアプリが64bitにしか対応していないためVMDが利用できない

GUIでの方法

まずは構造ファイルとトラジェクトリファイルを読み込む。読み込み方はこちら → VMDの使い方の基本 (Mac)

タンパク質でアライン

VMD MainのExtensions => Analysis => RMSD Trajectory Tools
RMSD Trajectory Toolメニューの空白部分でアラインする原子を選択する。図のようにproteinとしSelection Modifiersのnohにチェックをつけるか、protein and nohとする。その後、ALIGNをクリックする。

RMSDの計算

RMSEの計算をするために、タンパク質の主鎖を指定する。図のようにproteinとしSelection ModifiersのBackboneにチェックを入れるか、protein and name CA C Nとする。さらにTrajectoryのPlotにチェックを入れRMSDをクリックする。
プロットが現れる。FileからExport to PostScriptを選択すると画像を保存できる。また、Export to ASCII matrix...を選択すると計算結果データを保存できる。

CUIでの方法

vmdのスクリプト作成が初めてという方はこちら→VMDのスクリプトの書き方。

今回はtest.pdbとtest.dcdを読み込んでアライン、RMSDを計算する。その後、RMSDの計算結果をtest.datに保存するスクリプトを示す。

mol load pdb test.pdb xtc test.xtc

set out_file [open test.dat w]
set num_frame [molinfo top get numframes]
set ref_fit [atomselect top "protein and noh" frame 0]
set ref_rmsd [atomselect top "protein and name CA C N" frame 0]

puts $out_file "frame\trmsd"

for {set i 0} {$i < $num_frame} {incr i} {
    set all [atomselect top all frame $i]
    set prt_fit [atomselect top "protein and noh" frame $i]
    $all move [measure fit $prt_fit $ref_fit]
    set prt_rmsd [atomselect top "protein and name CA C N" frame $i]
    set rmsd [measure rmsd $prt_rmsd $ref_rmsd]
    puts $out_file "$i\t$rmsd"
}   

exit