概要 学習曲線とは学習の進行過程を数量的にプロットしたもの。DeepLearning等の 勾配法を利用した機械学習アルゴリズムを利用する際に、ステップ数毎の評価をするために使われる。同様に、検証データに対しては検証曲線（validation curve）と言われる。そ…

概要 pyenvの使い方を説明する。pyenvとはpythonの複数のバージョンをインストール、管理できる便利なツールである。pyenvの他にもanacondaでバージョン管理ができるが、Macの場合はanacondaを使用するとhomebrewが競合してしまうのでpyenvを使うと良い。Mac…

概要 MacでPythonの開発環境を整える。pyenvからanacondaをインストールし、仮想環境を構築する。Macにはデフォルトでpythonがインストールされているが2系なので3系をインストールする。また、機械学習ライブラリを使用する予定なのでanacondaを導入する。 …

概要 xgboostの使える環境を構築し、必要最低限の流れを確認する。pythonの環境が整っていない場合はこちら。 環境 macOS Mojave 10.14.5 pyenv 1.2.13 anaconda3-5.3.0 conda 4.5.11 python 3.7.4 XGBoostのインストール 公式サイトではpipを使用してのイン…

概要 GitHub上のプライベートリポジトリをクローンする際には鍵認証を設定する必要がある。その手順をメモする。 環境 macOS mojave 10.14.5 git 2.23.0 sshキーの作成 こちらを参照した。 公開鍵と秘密鍵の作成 sshディレクトリへ移動 $ cd ~/.sh 下記コマ…

概要 xgboostのfeature_importantについて。公式サイトに詳しく書かれれておらず、検索してもなかなかヒットしなかったので、メモ。 環境 macOS Mojave 10.14.5 python 3.7.4 xgboost 0.90 feature_importantの分類 feature_importantの計算方法は大きく分け…

概要 vimの使い方について説明する。vimはできるだけマウスの操作なしでファイルを編集するために開発された。故に機能が豊富であるため、少しずつ習得していこう。 環境 macOS Mojave 10.14.6 vim 8.1 入門（チュートリアル） vimの世界について説明する。v…

概要 Macを購入したのでTerminal環境をいちから整える。 環境 MacOS Mojava 10.14.5 必要最低限するべきこと コマンドのインストール Homebrewのインストール HomeBrewの公式サイトに従い下記コマンドを実行。 $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubus…

概要 jupyter-notebookを起動すると横幅が狭い、vimが使えない。ということで環境構築。 環境 macOS Mojave anaconda3-5.3.0 Python 3.7.4 jupyter-notebook 6.0.1 セル幅の変更 こちらを参考にした。 cssで変更する。 ~/.jupyter/custom/custom.cssを編集 .…

概要 モジュールがうまく使えなくなったときにどこから呼ばれているのかを知る必要になったのでモジュールについて調べたいときに知っておくと便利なものをまとめておく。 環境 macOS Mojave 10.14.5 pyenv 1.2.13 anaconda3-5.3.0 python 3.7.4 モジュール…

概要 Anacondaの基本的な最低限の使い方をさらっとまとめます。 環境 macOS Mojave 10.14.5 pyenv 1.2.13 anaconda3-5.3.0 anacondaのインストール インストール方法は色々な日本語の記事が豊富なので割愛する。Macユーザーの場合はhomebrewと競合しかねない…

概要 PyMolではGUIでの操作でほとんどのことができるが、細かな設定をする場合はCUIの方が便利である。慣れるまで時間がかかるが、コツコツ覚えていきたい。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 PyMolとVMDの比較 先にPyMolのVMDと比べて思うところを独…

概要 ヒスチジンのプロトン化を考察する際に距離を測ることがよくあるのでまとめておく。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 距離の測り方 GUIの方法 こちらを参考にしました。 Wizard => Measurement 原子を２つクリック Doneをクリックすると元にもど…

概要 画像を保存する際の細かな設定と保存方法をまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 背景の設定（お好み） $ bg_color white $ set depth_cue, 0 $ set antialias, 5 depth_cueを0にするとはっきり映るようになる。Wiki。 antialiasは高解像…

概要 PyMolでのラベルの貼り方をささっとまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 ラベルの貼り方 GUIでの方法 貼りたいアミノ酸をクリック。 ラベルオプションを押す。 ラベルの種類を選ぶ。今回は残基名を選んだ。 CUIでの方法 $ label /2BU4//A…

概要 最近GitHubのプライベートリポジトリが無制限に使えるようになったという情報を聞き、以前少しかじっていたGitHubに本格的に着手しようと思う。リモートとローカルで共通の開発ができる利点に気付き始めた。 環境 mac OS Mojavw 10.14.5 git 2.23.0 事…

概要 はてなブログを使い始めて日が浅いですが、CSSが煩雑になってきたのでまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.5 編集モード MarkDown 記事全体 bodyで指定できる。 body{ font-family: 'Ricty-Diminished'; background:white; } 入力範囲 .entry-contentで…

概要 分子の末端にアミノ酸を付加する方法が調べてもなかなかヒットしなかったのでメモする。 環境 付加するアミノ酸の確認 付加するアミノ酸の残基番号 (residue id) とC末端かN末端かを調べる。今回は残基番号123、C末端だとする。 アラニン (Ala) の付加 …

概要 先日MacBookを購入しました。しかしMacBookってたくさんの種類があるのでどれを購入したらいいのかわからない！ってなったのでメモしておきます。 起動ドライブ 起動ドライブは３種類存在する。 HDD : 安いが遅い SDD : 早いが高い FusionDrive : SSDの…

概要 Macでデュアルディスプレイにする際、端子の種類で混乱したのでまとめておく。 環境 macOS Mojave 10.14.5 Display Port Display Port端子は主に2種類ある。 Display Port 端子 Mini Display Port 端子 Thunderbolt Thunderbolt 1, 2 Mini Display Port…

概要 Macで便利なショートカットキーをまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 カーソル移動 カーソル文頭移動: Ctr+a カーソル文末移動: Ctr+e カーソル後削除: Ctr+k カーソル前削除（Terminal）：Ctr+u カーソル前削除（google）: Ctr+Del 部分的なスクリ…

概要 Jupyter notebookでVimを使う環境を整える。 環境 macOS Mejave 10.14.5 anaconda 3-5.3.0 python 3.7.4 jupyter-notebook 6.0.1 導入方法 拡張ツールの導入 参考：Jupyter notebookのスニペット機能を使って機械学習案件の生産性をあげる話 今回はcond…