トップ > VMD > VMDで分子の画像をきれいに保存する

VMDで分子の画像をきれいに保存する

VMD

概要

vmdで画像をきれいに保存する方法を紹介する。しかし、ここでは必要最低限のことしか触れない。さらにオプション等細かく知りたい方はこちらの記事が非常によくまとまっている。

VMD(Visual Molecular Dynamics)でMDシミュレーションの綺麗なスナップショットを作る

環境

macOS Mojave 10.14.5
vmd 1.9.3

macOS Catalinaではアプリが64bitにしか対応していないためVMDが利用できない

保存したい分子を表示する

まずは、保存したい分子を表示します。こんな感じ。

f:id:oosakik:20191114192059j:plain

Axesの非表示

Display ==> Axes ==> Offにチェックを入れる。

f:id:oosakik:20191114193356p:plain

すると、軸が消える。

f:id:oosakik:20191114192034j:plain

背景色の変更

  1. Graphics ==> Colors...

    f:id:oosakik:20191114192144p:plain

  2. Display ==> Background ==> 8 white

    f:id:oosakik:20191114192208p:plain

  3. これで背景が白くなったが少し見づらいのでDisplay==> Depth Cueingのチェックを外すと以下のように見やすくなる。

    チェックを外す前

    f:id:oosakik:20191114192229j:plain

    チェックを外した後

    f:id:oosakik:20191114192246j:plain

  4. ここでさらにDisplay ==> Antialiasingのチェックをつけると画像が滑らかになる。しかし、私のMacではできなかった、、、Windowsではできたのだが。

画像の保存

  1. File ==> Render

    f:id:oosakik:20191114192749p:plain

  2. Filenameを変更して、保存する場所とファイル名を指定する。ここで注意がある。拡張子がデフォルトではtgaになっているが、この拡張子をサポートしていないアプリが多い。そんなときは拡張子をbmpに変換するとうまくいくかもしれない。

    f:id:oosakik:20191114192620p:plain

  3. Start Renderingで保存される。