概要 vmdで画像をきれいに保存する方法を紹介する。しかし、ここでは必要最低限のことしか触れない。さらにオプション等細かく知りたい方はこちらの記事が非常によくまとまっている。 VMD(Visual Molecular Dynamics)でMDシミュレーションの綺麗なスナップシ…

概要 vmdでのRMSDの計算する方法をまとめる。今回は水素以外のタンパク質でアラインし、タンパク質の主鎖のRMSDを計算する。0フレーム目を基準としてそれぞれ計算する。 環境 macOS Mojave 10.14.5 vmd 1.9.3 macOS Catalinaではアプリが64bitにしか対応して…