概要 PyMolではGUIでの操作でほとんどのことができるが、細かな設定をする場合はCUIの方が便利である。慣れるまで時間がかかるが、コツコツ覚えていきたい。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 PyMolとVMDの比較 先にPyMolのVMDと比べて思うところを独…

概要 画像を保存する際の細かな設定と保存方法をまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 背景の設定（お好み） $ bg_color white $ set depth_cue, 0 $ set antialias, 5 depth_cueを0にするとはっきり映るようになる。Wiki。 antialiasは高解像…

概要 PyMolでのラベルの貼り方をささっとまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 ラベルの貼り方 GUIでの方法 貼りたいアミノ酸をクリック。 ラベルオプションを押す。 ラベルの種類を選ぶ。今回は残基名を選んだ。 CUIでの方法 $ label /2BU4//A…

概要 分子の末端にアミノ酸を付加する方法が調べてもなかなかヒットしなかったのでメモする。 環境 付加するアミノ酸の確認 付加するアミノ酸の残基番号 (residue id) とC末端かN末端かを調べる。今回は残基番号123、C末端だとする。 アラニン (Ala) の付加 …