2019-11-11から1日間の記事一覧

XGBoostのパラメータ解説(回帰問題):数式、図から理解する

概要 XGBoostのパラメータをまとめる。ただし、回帰分析を行う際に重要なパラメータのみを考える。基本的には公式に書かれていることをまとめるが、わかりずらいところも多く適宜補足を加える。パラメータの説明を数式を行うので、XGBoostの原理を先に勉強し…

VMDでMDシミュレーションのトラジェクトリ の変換とアライン

VMD

概要 シミュレーション中の原子の軌跡を保存するトラジェクトリ ファイルの種類が多く混乱したのでメモする。さらに、トラジェクトリ の拡張子を変換しつつ人にとって見やすいようにタンパク質でアライン(中心に固定して動かなくする)する。 環境 macOS Mo…