PyMolで任意のアミノ酸を付加

概要

分子の末端にアミノ酸を付加する方法が調べてもなかなかヒットしなかったのでメモする。

環境

付加するアミノ酸の確認

付加するアミノ酸の残基番号 (residue id) とC末端かN末端かを調べる。今回は残基番号123、C末端だとする。

アラニン (Ala) の付加

ここを参照した。 pymolで以下コマンドを入力。

cmd.select('c_123', 'resi 123 and name c')
editor.attach_amino_acid('c_123', 'ala')