概要 モジュールがうまく使えなくなったときにどこから呼ばれているのかを知る必要になったのでモジュールについて調べたいときに知っておくと便利なものをまとめておく。 環境 macOS Mojave 10.14.5 pyenv 1.2.13 anaconda3-5.3.0 python 3.7.4 モジュール…

概要 Anacondaの基本的な最低限の使い方をさらっとまとめます。 環境 macOS Mojave 10.14.5 pyenv 1.2.13 anaconda3-5.3.0 anacondaのインストール インストール方法は色々な日本語の記事が豊富なので割愛する。Macユーザーの場合はhomebrewと競合しかねない…

概要 PyMolではGUIでの操作でほとんどのことができるが、細かな設定をする場合はCUIの方が便利である。慣れるまで時間がかかるが、コツコツ覚えていきたい。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 PyMolとVMDの比較 先にPyMolのVMDと比べて思うところを独…

概要 ヒスチジンのプロトン化を考察する際に距離を測ることがよくあるのでまとめておく。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 距離の測り方 GUIの方法 こちらを参考にしました。 Wizard => Measurement 原子を２つクリック Doneをクリックすると元にもど…

概要 画像を保存する際の細かな設定と保存方法をまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 背景の設定（お好み） $ bg_color white $ set depth_cue, 0 $ set antialias, 5 depth_cueを0にするとはっきり映るようになる。Wiki。 antialiasは高解像…

概要 PyMolでのラベルの貼り方をささっとまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.6 PyMol 2.3.1 ラベルの貼り方 GUIでの方法 貼りたいアミノ酸をクリック。 ラベルオプションを押す。 ラベルの種類を選ぶ。今回は残基名を選んだ。 CUIでの方法 $ label /2BU4//A…

概要 最近GitHubのプライベートリポジトリが無制限に使えるようになったという情報を聞き、以前少しかじっていたGitHubに本格的に着手しようと思う。リモートとローカルで共通の開発ができる利点に気付き始めた。 環境 mac OS Mojavw 10.14.5 git 2.23.0 事…

概要 はてなブログを使い始めて日が浅いですが、CSSが煩雑になってきたのでまとめる。 環境 macOS Mojave 10.14.5 編集モード MarkDown 記事全体 bodyで指定できる。 body{ font-family: 'Ricty-Diminished'; background:white; } 入力範囲 .entry-contentで…