PyMol 距離の測り方

概要

ヒスチジンのプロトン化を考察する際に距離を測ることがよくあるのでまとめておく。

環境

macOS Mojave 10.14.6
PyMol 2.3.1

距離の測り方

GUIの方法

こちらを参考にしました。

1. Wizard => Measurement
2. 原子を２つクリック
3. Doneをクリックすると元にもどる

   CUIの方法

$ dista dis, select1, select2

コマンドで距離を取得する方法

atom1とatom2の間の距離を取得。Wiki

$ dis = cmd.get_distance('atom1', 'atom2', frame)

細かな設定

$ set dash_color, green　#色
$ set dash_radius, 0.10　#太さ
$ set dash_length, 0.05　#長さ
$ set dash_gap, 0.30 　#間隔